O Exploratório Infante D. Henrique, primeiro centro interactivo de ciência em Portugal, foi constituído em 1995 com associação sem fins lucrativos, tendo a Universidade de Coimbra e a Faculdade de Ciências e de Tecnologia como principais associados fundadores e a Casa Municipal da Cultura de Coimbra como anfitriã. Nasceu da iniciativa do Estado de criação de centros de iniciação à ciência, dirigidos à população em geral, nos anos 90.

Em 1998, foi integrado na Rede de Centros Ciência Viva como centro pluridisciplinar, e em 2000 foi reconhecido de utilidade pública.

Em 2009 passou a dispôr de um edifício próprio, no Parque Verde do Mondego, com uma exposição principal dedicada às relações entre as ciências básicas e a saúde.